2ـ تقوم المؤسسة بإنشاء مراكز علمية متخصصة فى دراسات الإعجاز العلمى للقرآن والسنة تغطى أنحاء الجمهورية ومحافظاتها كمرحلة أولى يليها مرحلة أخرى تغطى بعض دول العالم الخارجى.

فعلى سبيل المثال لا الحصر تقوم المؤسسة بإنشاء مراكز علمية فى المجالات الآتية:
أ ـ مركز إعلامى يغطى الجمهورية والعالم الخارجى ويتضمن قناة فضائية متخصصة فى مجال الإعجاز العلمى فى القرآن والسنة وصفحة متخصصة على الإنترنت لنشر الوعى العلمى فى هذا المجال وللرد على تساؤلات المهتمين بهذا الأمر، كما يتضمن المركز إنشاء مجلة خاصة بالمؤسسة وشئونها والمجالات التى تبحث فيها ويشرف على هذا المركز أساتذة متخصصون فى مجال الإعلام عامة والإعلام الدينى على وجه الخصوص برئاسة الأستاذ الفاضل د. محمود محمد حبيب.

ب ـ مركز متخصص فى تعليم النشئ الأخلاق الحميدة المستمدة من القرآن والسنة وسيرة الصحابة الأجلاء وذلك من خلال مد الروح والحياة لكتاتيب تحفيظ القرآن التى تعلم من خلالها علماؤها الأفاضل فى بداية حياتهم وتمرسوا على إتقان اللغة العربية ومبادئ الدين الحنيف ونشر هذه الكتاتيب فى جميع محافظات الجمهورية وذلك من خلال خطة طموحة تغطى خمسة سنوات مقبلة على مرحلتين:

المرحلة الأولى تشمل عامى 2006 ـ 2007 وتغطى 20 محافظة بالجمهورية لإنشاء 230 كتَّاب تحفيظ القرآن الكريم للنشئ وتعليمهم الأخلاق الحميدة ويتم من خلالها إعداد 6900 ناشئ وقد تم بحمد الله تخطى هذه الأعداد خلال عام واحد حيث شملت المرحلة جميع المحافظات 26 محافظة وتخطى العدد المخطط له من 6900 إلى عشرة آلاف ناشئ وقد حظيت محافظة الدقهلية وحدها بأكثر من 30 كتَّاب تحفيظ متخطية الرقم السابق تخطيطه وهو عشرة كتاتيب وذلك على سبيل المثال لا الحصر وسارت باقى المحافظات على نفس النهج.

المرحلة الثانية وتغطى الفترة من عام 2008 ـ إلى عام 2010 ويتم من خلالها رفع العدد المخطط إلى 1500 كتاب لتعليم 45000 ناشئ بمشيئة الله تعالى.

كما يتضمن المركز المتخصص فى تعليم النشئ مراكز إقليمية على مستوى جميع المحافظات لتنظيم العمل والتخطيط وتذليل الصعوبات التى تعترض الطريق المخطط لتنفيذ هذا الهدف ويرأس هذه المراكز الإقليمية علماء وأساتذة جامعات ومتخصصون فى شئون الدعوة والبحث فى مجال الإعجاز العلمى فى القرآن والسنة وذلك بالتنسيق والتعاون مع المجمع العلمى لبحوث القرآن والسنة ويرأس المركز أ.د أحمد شوقى ابراهيم وفقه الله.

جـ ـ كما تتضمن المؤسسة مركز علمى متخصص فى تجميع الإفتراءات والشبهات التى تغذيها الأبواق المعادية للإسلام والرد عليها من خلال مجموعة منتقاة من علماء الدين الحنيف والإعداد لإصدار موسوعة علمية دينية متكاملة للرد على هذه الإفتراءات التى تمس عقيدتنا وكتابنا الكريم ورسولنا الحبيب صلى الله عليه وسلم ويرأس المركز أحد أساتذتنا الأجلاء الباحثين فى هذا المجال لسنوات طويلة من البحث وهو أ.د / محمد داوود.

د ـ وتقوم المؤسسة بإنشاء مركز متخصص لتدريب الدعاة فى مجال الإعجاز العلمى فى القرآن والسنة لإعداد أجيال جديدة مدربة لمواصلة المسيرة والعمل على رفع راية الإسلام والرد على أدعياء الدين وأعداؤه من شباب الباحثين والدارسين من خلال حلقات علم وإختبارات دورية للتأكد من كفاءة الدعاة الجدد فى هذا المجال ويشرف على هذا المركز عالمنا الجليل وأستاذنا الفاضل أ.د / أحمد شوقى إبراهيم بما منّ الله عليه به فى مجال الإعجاز العلمى.

هـ ـ إعداد مكتبة متخصصة تضم جميع الإصدارات السابقة واللاحقة والكتب والمراجع التى تحوى البحوث والدراسات فى مجال الإعجاز العلمى التى قام بها العلماء سواء من مصر أو العالم الخارجى الإسلامى أو الغربى وتجهيز المكتبة بالأطقم الإدارية اللازمة لنشر ما بها من كتب ومعلومات لمن يريد الإستزادة من بحر هذا العلم الجارف مستعين بما تراه من وسائل مرئية ومسموعة.

3ـ كما تتضمن ميادين عمل المؤسسة إصدار نشرات دورية ومجلة متخصصة لتوضيح المفاهيم الصحيحة للإعجاز العلمى فى مجال القرآن والسنة وعمل خطة لنشر هذه المطبوعات داخلياً وخارجياً.

4ـ متابعة الإصدارات العلمية المختلفة المتصلة بالإعجاز العلمى والتى تصدر فى مصر والعالم الإسلامى ودراستها ومناقشة ما ورد فيها مع المختصين والرد على نقاط الإختلاف وتعميم نقاط التلاقى بما يؤدى إلى نشر الرسالة الإسلامية وما ورد فى كتبنا المقدسة من إعجاز علمى.

5ـ التعاون مع الجهات والهيئات والمؤسسات العلمية الداخلية والخارجية التى تعمل فى نفس ميادين عمل المؤسسة من خلال لجان مركزية وفرعية لتوحيد الجهود فى هذا المجال.

ويقوم بإدارة هذا العمل الضخم كوكبة من العلماء والمتخصصين من خلال مجلس أمناء المؤسسة.
وتقبل المؤسسة التبرعات والهبات النقدية والعينية لتوجيهها بما يعود بالنفع على أنشطة المؤسسة وميادين عملها فى مجال الدعوة والإعجاز العلمى فى القرآن والسنة سواءً عن طريق اليد أو على الحساب رقم 17986 / 240 / 158 فى بنك مصر للمعاملات الإسلامية فرع الجيزة شارع سعد زغلول بالجيزة.